Результаты пцр: расшифровка и интерпретация.

Вирусный гепатит С— тяжелое заболевание, которое протекает споражением печени. Увосьмидесяти процентов больных оно переходит вхроническую форму. Вирус размножается вклетках печени— гепатоцитах— ивызывает ихгибель. Отмершая ткань замещается очагами соединительной ткани, развивается фиброз.

Помере развития фиброза печень оказывается неспособна выполнять свои функции, начинается цирроз печени, который опасен своими осложнениями: повышением давления всистеме портальной вены, желудочно-кишечными кровотечениями, нарушением свертывания крови, изменениями психики из-за повреждения ядер головного мозга токсическими продуктами.

Причина заболевания— заражение вирусом изсемейства Flaviviridae, который относится ктипу РНК-вирусов. Это значит, что генетический материал, покоторому синтезируются белки возбудителя, закодирован вмолекуле рибонуклеиновой кислоты.

Заражение происходит через кровь, половым путем, иотбеременной женщины кплоду. Ксожалению, между инфицированием иначалом выработки антител может пройти достаточно большое количество времени— отдвух недель дошести месяцев.

Это недает определить заражение методом иммуноферментного анализа иначать лечение наранних стадиях.

Что такое анализ ПЦР?

ПЦР— метод молекулярного анализа, который позволяет обнаружить генетический материал возбудителя уже напервой неделе после инфицирования спомощью полимеразной цепной реакции. Исследование обладает высокой специфичностью, точностью, ипозволяет нетолько определить наличие или отсутствие вируса, ноиего концентрацию игенотип.

Для исследования берут кровь пациента, вкоторой потенциально может находиться РНК вируса.

Вкровь добавляют праймеры— искусственно синтезированные участки искомого гена малой длины, иРНК-полимеразу— специальный фермент, который многократно увеличивает количество генетического материала возбудителя.

Спомощью специального аппарата проводят несколько циклов нагревания иохлаждения. Затем материал анализируют исопоставляют сизвестными генами вируса, наоснове чего делают заключение оналичии или отсутствии заражения.

Виды ПЦР-анализа нагепатит С

Различают три вида ПЦР-анализа:

1. Качественный анализ ПЦР. Первая стадия исследования. Онпозволяет выявить генетический материал вируса вкрови.
2. Количественный анализ ПЦР. Позволяет определить вирусную нагрузку— концентрацию генетического материала возбудителя водном миллилитре крови. Это исследование проводят перед началом терапии, азатем напервой, четвертой, двенадцатойи (если курс длительный) двадцать четвертой неделе лечения, чтобы оценить его эффективность.
3. Генотипирование. Возбудитель гепатитаС часто ибыстро мутирует. Напланете было обнаружено семь вариантов генотипа этого вируса. ВРоссии распространены первой, второй итретий тип. Каждый изгенотипов обладает различной устойчивостью ктерапии, например эффективность лечения первого типа составляет шестьдесят процентов, адля второго итретьего этот показатель достигает восьмидесяти пяти. Поэтому, для того чтобы подобрать подходящие препараты иназначить курс лечения достаточной длительности необходимо точно определить, каким типом вируса заражен пациент.

Показания кПЦР-анализу нагепатит С

ПЦР-исследование назначают вследующих случаях:

• контакт сбольным человеком, при котором могло произойти заражение;
• положительный результат иммуноферментного анализа;
• признаки цирроза печени: изменение размеров печени, увеличение селезенки, появление наживоте подкожного венозного сплетения;
• появление симптомов поражения печени: боли вправой части живота, пожелтение кожных покровов;
• повышение активности АЛТ иАСТ вбиохимическом анализе крови;
• перед началом лечения для определения вирусной нагрузки;
• сцелью контроля заэффективностью антивирусной терапии;
• после окончания лечения для контроля зарецидивами;
• при наличии диагностированного гепатитаB, для исключения смешанного поражения печени.

Расшифровка ПЦР-исследования нагепатит С

Расшифровкой ПЦР-анализа ииммуноферментного анализа нагепатитС должен заниматься гепатолог или инфекционист. Анализировать результаты ПЦР необходимо вкомплексе сданными биохимического анализа крови, биопсии иУЗИ. Только квалифицированный врач сможет проанализировать результаты исследованийи, основываясь наних, назначить правильное лечение.

Возможна ситуация, когда ПЦР-анализ нагепатитС отрицательный, аиммуноферментный анализ распознает антитела против вируса. Это значит, что пациент переболел гепатитомС вострой форме иизлечился самостоятельно. Примерно двадцать случаев инфицирования заканчиваются самопроизвольным излечением, если организм пациента оказывает достаточное сопротивление инфекции.

Несмотря нато, что ПЦР— высокоточный анализ, его результаты могут быть искажены вследующих ситуациях:

• кровь транспортировалась влабораторию вненадлежащих условиях, был нарушен температурный режим;
• образец биоматериала был загрязнен;
• вкрови находились остаточные следы гепарина идругих антикоагулянтов;
• висследуемом веществе оказались ингибиторы— вещества, которые замедляют или останавливают полимеразную цепную реакцию.

Преимущества ПЦР перед другими методами

1. Диагностика наранних стадиях. ПЦР обнаруживает генетический материал возбудителя заболевания. Спомощью иммунофлюоресцентного анализа можно определить только иммуноглобулины— вещества, которые организм вырабатывает вответ наинфекцию. Вслучае заражения гепатитомС промежуток между заражением иначалом иммунного ответа может составлять несколько недель имесяцев, вэто время ИФА будет неэффективна. ПЦР даст ответ уже напервой неделе после заражения.
2. Низкая вероятность ошибки. Висследуемом материале определяют участок генетического материала, который характерен только для одного вида возбудителей. Это позволяет исключить ложные результаты. При ИФА возможны ошибки, так как один итотже вид антител может выделяться против разных вирусов— такие антитела называют перекрестными.
3. Высокая чувствительность. ПЦР позволяет обнаружить РНК возбудителя даже вминимальных количествах. Это дает возможность выявить скрытые инфекции.

Как подготовиться ксдаче крови для ПЦР-исследования

Для ПЦР-анализа нагепатитС собирают венозную кровь. Обычно извены пациента заодин раз берут две порции крови: первую отправляют наПЦР, авторую наИФА. Это делают для того чтобы более точно оценить, насколько сильно пациент заражен вирусом, икак иммунитет борется сним.

Обычно отпациента требуют соблюдения следующих правил:

• анализ крови сдают сутра;
• перерыв между последним приемом пищи исдачей крови должен составлять восемь-десять часов;
• задва-три дня доанализа нужно отказаться отжареной ижирной пищи, иалкоголя;
• втечение двадцати четырех часов перед анализом пациент должен избегать физических нагрузок: непереносить тяжестей, непосещать спортзал или бассейн.

Источник: https://hepatit.care/hepatits/gepatit-s/ptsr-issledovanie-na-gepatit-s-vidy-pokazaniya-rasshifrovka.html

Количественный анализ на вирус гепатита С: расшифровка результатов

Учитывая бессимптомное течение и высокую вероятность передачи HCV-инфекции, большое значение имеет диагностика на ранних стадиях патологии. Наиболее точной считается постановка полимеразной цепной реакции.

В отличие от методов выявления серологических маркеров, ПЦР мало зависит от сопутствующих заболевания и общего состояния организма пациента.

Но если подтвержден вирус гепатита С, количественный анализ, расшифровка которого проводится врачом, обязателен.

HCV – тяжелое заболевание, требующее серьезной дорогостоящей и опасной побочными реакциями терапии. Поэтому диагноз никогда не ставят на основании результатов одного исследования. При подозрении на наличие вирусного заболевания пациенту приходится пройти несколько тестов. Но чтобы избежать лишних затрат и потери времени, анализы крови и инструментальные обследования проводят поэтапно.

Основные стадии диагностического процесса приведены в таблице:

Окончательный диагноз доктор ставит только по результатам, указанным во всех исследованиях. Некоторые препараты, например, гепатопротекторы, витамины показаны уже в начале диагностического процесса. Но таргетные противовирусные средства назначают после получения всех данных.

Что такое ПЦР

Техника проведения полимеразной цепной реакции известна достаточно давно и успешно используется для диагностирования ряда вирусных заболеваний, и HCV не является исключением.

В настоящее время существует несколько методик постановки ПЦР, но в принципиальном плане этот процесс состоит из нескольких этапов:

1. Разрушение двойной нити ДНК под воздействием нагревания либо определенных химических веществ.
2. Присоединение к разделенным основанием ДНК так называемых праймеров – остатков нуклеотидной цепи РНК вируса (в большинстве современных тест-систем используются 5`-NTR-области генома HCV).
3. Специфический фермент, ДНК-полимераза, распознает праймер, провоцирует присоединение других нуклеотидных остатков.

По окончании третьего этапа полимеразной цепной реакции ДНК между двумя праймерами удваивается, а впоследствии происходит амплификация участка генома в геометрической прогрессии (2–4–8 и т.д.).

Чувствительность современных тест систем составляет 10–50 копий РНК в 1 мл крови.

Расшифровка ПЦР на гепатит С должна проводиться квалифицированным специалистом. В соответствии с Международным стандартом ВОЗ для количественного определения вирусного генома служит образец плазмы крови в лиофилизированном виде, содержащий РНК первого генотипа вируса в концентрации 105 МЕ/мл.

При этом обращают внимание на количественные единицы, в которых выражены результаты исследований. Обычно количество копий РНК HCV указывают в абсолютном или логарифмическом выражении. Затем, в соответствии с международными стандартами, эту цифру пересчитывают при помощи специального коэффициента в международные единицы (МЕ). Таким образом конечные результаты обозначаются в МЕ/мл.

Для проведения количественного исследования применяют различные тест-системы и методики постановки полимеразной цепной реакции. Некоторые предназначены для оценки уровня виремии в плазме или сыворотке. Другие более эффективны и показательны при исследовании цельной крови.

Говорить о норме при интерпретации указанных в лабораторном бланке результатов не совсем корректно.

Дело в том, что у здорового человека РНК вируса в организме отсутствует, а наличие частиц HCV вне зависимости от количественного показателя свидетельствует об инфицировании. В дальнейшем при помощи ПЦР оценивают эффективность лечения.

При отрицательном результате на 4 неделе приема медикаментов, а затем и после окончания противовирусной терапии (на протяжении 48 недель) говорят о выздоровлении.

Виды исследования

Проведение полимеразной цепной реакции предполагает определение не только наличия РНК HCV в крови, но и определение количества копий вируса и анализ структуры генома. Такие возможности делают ПЦР одним из наиболее информативных и точных методов диагностики вирусного гепатита C.

Все применяемые на практике методы постановки полимеразной цепной реакции приведены ниже в порядке проведения (каждый последующий тест назначают при положительном результате предыдущего):

1. Анализ ПЦР на гепатит С качественный, проводится только для обнаружения РНК вируса в крови.
2. Количественное исследование ПЦР. Расшифровка проводится согласно общепринятым нормам. В зависимости от результата вирусологическая нагрузка может быть низкой, умеренной или высокой. Данный показатель является одним из предикторов исхода терапии HCV.
3. Генотипирование (во многих частных лабораториях предлагается в комплексе с количественным анализом, что снижает общую стоимость). Обозначение генотипа HCV осуществляется одной из арабских цифр (с 1 по 6). На территории России чаще выявляют генотип 1 или 3, несколько реже – 2, 4–6 диагностируют в единичных случаях. Ранее при использовании интерфероновых схем лечения разновидность HCV определяла длительность и эффективность терапии. Современные противовирусные средства отличаются широким спектром действия, но некоторые из них прописывают только при 1–4 генотипах HCV.

Генотипирование проводится только один раз, перед началом терапии. По мере приема медикаментов количественные нормы гепатита С необходимы врачу для оценки эффективности противовирусных препаратов. После окончания курса лечения проводят качественное исследование ПЦР.

Особенности количественного анализа

Количественный анализ методом ПЦР проводится для определения вирусной нагрузки. Под этим термином подразумевают количество копий РНК возбудителя в 1 мл крови.

Благодаря такому исследованию врач сможет оценить ряд факторов, играющих ключевую роль как в самом течении заболевания, так и исходе терапии. Это:

• вероятность развития осложнений (цирроза и гепатоцеллюлярной карциномы), так как чем активнее патологический процесс, тем выше риск появления патологий печени уже на начальных стадиях гепатита С;
• эффективность стандартной схемы терапии (в тяжелых случаях требуется дополнительное назначение противовирусных средств);
• риск для окружающих (особенно если пациент относится к социально благополучным слоям населения, имеет семью, детей);
• риск внепеченочных осложнений (развитие аутоиммунных заболеваний, поражения нервной, сердечно-сосудистой системы и т.д.).

Количественное определение РНК HCV важно и для контроля эффективности проводимого лечения. По мере продолжения приема противовирусных средств полученные цифры снижаются. Целью терапии является достижение отрицательного результата качественного анализа методом ПЦР.

Показания

До появления большого количества частных лабораторий, где пациент может сдать практически любой анализ без документов от врача, направление на выполнение количественной ПЦР давали на определенном этапе диагностики или лечения.

В соответствии с нормами и протоколами ВОЗ, показаниями к проведению такого исследования служат:

• положительные серологические маркеры HCV (anti-HCV Total, наличие иммуноглобулинов класса G и/или М);
• положительный результат качественной ПЦР;
• контроль проводимого лечения.

При желании пациент может самостоятельно обратиться в частную клинику и выполнить подобное исследование. Но при отсутствии гепатита С проведение такого лабораторного теста считают нецелесообразным.

Нам каких этапах заболевания проводится

Для определения вирусной нагрузки установлены следующие сроки:

• до начала терапии (возможно, одновременно с генотипированием);
• 4 неделя лечения (отрицательные данные свидетельствуют о быстром вирусологическом ответе и служат предикторами благоприятного исхода);
• последняя неделя терапевтического курса (12 или 24 в зависимости от подобранной схемы), негативный результат подтверждает эффективность терапии, позитивный требует продолжения лечения, но уже с применением других медикаментов;
• 24 и 48 неделя после окончания лечебного курса (вне зависимости от его продолжительности), отсутствие вирусной нагрузки подтверждает выздоровление.

Дополнительно исследование проводят только по показаниям (например, ухудшение самочувствия, ошибки в приеме таблеток, выявление сопутствующих инфекций и т.д.). Выполнение ПЦР не исключает необходимости в других анализах – клинических исследованиях крови и мочи, печеночных проб, УЗИ и прочих.

Как подготовиться к исследованию

Чтобы расшифровка анализа ПЦР не была ошибочной, необходимо соответствующим образом подготовиться к забору крови. За некоторым исключением правила не отличаются от таковых при других исследованиях.

Необходимо:

• сдавать кровь строго натощак (последний прием пищи за 12 часов до посещения лаборатории);
• процедуру проводить в первой половине дня (как можно раньше);
• в день анализа после пробуждения пить можно только воду; чай, кофе, газированные и/или сладкие напитки, соки и т.д. противопоказаны;
• за 3–5 часов до сдачи крови нельзя курить;
• если невозможно прервать прием каких-либо медикаментов, сообщить названия принимаемых лекарств лаборанту и врачу, который будет интерпретировать полученные данные.

Наличие гепатита С уже подразумевает полный отказ от спиртного и строгую диету (стол №5). Но если анализ проводится на этапе диагностики, за 5–7 дней до забора крови обязателен контроль питания с исключением тяжелых для печени продуктов и алкоголя.

Расшифровка количественного анализа на гепатит С

Обычно, когда пациент получает на руки результаты анализов, в бланке приведены показатели нормы, полученные значения и краткая интерпретация. Однако расшифровка анализа крови на гепатит С должна проводиться только врачом. Количественная ПЦР – один из этапов диагностики, поэтому врач сопоставляет приведенные цифры с полученными ранее результатами.

В зависимости от полученных показателей определяется степень вирусной нагрузки или полное отсутствие РНК HCV в организме.

Если проведен количественный анализ на гепатит С, расшифровка проводится в соответствии с таблицей:

Чтобы точно расшифровать анализ и не допустить ошибочных результатов, оценивать данные количественной ПЦР можно только после выявления серологических маркеров качественной ПЦР. При ИФА обязательно указывается коэффициент позитивности. Также принимают во внимание данные ультразвукового обследования, эластографии и биопсии, если исследование проводилось.

Норма

Количественный анализ ПЦР проводят только в том случае, если положительны другие показатели крови при гепатите С.

Получение отрицательного результата возможно при:

• самостоятельном выздоровлении (в медицинской литературе приведена статистика, по которой порядка 15% случаев инфицирования HCV остаются незамеченными, иммунная система человека полностью устраняет вирус);
• раннем вирусологическом ответе (при оценке результатов в ходе противовирусной терапии);
• при ошибочных данных предыдущих исследований (маловероятно, так как предварительно обычно назначают ИФА, качественную ПЦР, печеночные пробы).

Когда сдается анализ на гепатит С для оценки вирусологической нагрузки, расшифровка проводится врачом. Считается, что показатели нормы – это полное отсутствие РНК HCV в крови. Но для исключения скрытой инфекции исследование рекомендуют повторить через несколько недель.

Какие показатели крови указывают на гепатит С

Перед началом диагностического обследования необходимо точно знать, какие показатели крови указывают на HCV. С одной стороны это позволит избежать пациенту лишних финансовых трат на ненужные анализы, с другой – сэкономит время.

Так, при гепатите С показательны такие данные:

• позитивный ИФА вне зависимости от класса обнаруженных антител; но данный параметр оценивают на фоне других результатов, так как некоторые особенности работы иммунной системы могут повлиять на правильность исследования;
• позитивная качественная ПЦР (чувствительность и специфичность метода достигает 100%);
• определение количества копий вируса при количественной ПЦР.

Косвенными признаками HCV является превышение норм печеночных трансаминаз, билирубина, лейкоцитоз, ускорение СОЭ, наличие билирубина в моче.

При расшифровке результатов принимают во внимание сокращения, как обозначается гепатит С в анализах. Обычно вирусную нагрузку указывают в МЕ/мл или IU/ml, а РНК вируса английской аббревиатурой RNA HCV.

Бывает ли ложный тест

В отличие от ИФА вероятность ложного результата ПЦР практически нулевая. Ошибки возможны только в результате человеческого фактора, то есть при нарушении правил забора крови, хранения образцов и непосредственно проведении исследования.

Преимущества количественного исследования методом ПЦР

Специалисты в области гепатологии подчеркивают, что количественная ПЦР не имеет аналогов и является одним из основных исследований для пациентов с HCV. Механизм проведения анализа сводит к минимуму вероятность ложноположительных или ложноотрицательных результатов.

Для получения результатов требуется несколько дней. Забор крови не требует особой подготовки, возможен практически в любой клинической лаборатории и не сопровождается какими-либо значимыми болевыми ощущениями. Но основным преимуществом такого анализа является высокая точность, достигающая 100%.

Александра Малкина

Источник: https://med88.ru/gepatit-s/kolichestvennyj-analiz/

Эффективность метода ПЦР: диагностика инфекций

ПЦР — диагностика инфекций, современный и высокоточный способ выявления различных инфекционных заболеваний. Чем же он отличается от других анализов?

ПЦР исследование: основные преимущества

Расшифровывается эта аббревиатура как «полимеразная цепная реакция». Ее, как гласит Википедия, изобрел в 1983 году Кэри Мюллис, американский ученый. За свое открытие он получил Нобелевскую премию.

1. Выявление первопричины инфекции, оставившей «следы» в ДНК. При сочетании нескольких болезней выявить то, с которого все началось, трудно. А для правильной постановки диагноза и подбора эффективного лечения, цепная реакция имеет колоссальное значение;
2. Устанавливается на ПЦР не только измененная ДНК, но и конкретный участок трансформации. Это необходимо для исключения сомнений по поводу ложных инфекций;
3. ПЦР-диагностика настолько чувствительна, что обнаруживает даже единичные бактерии и вирусы. Они могут оставаться в крови после неправильно назначенного лечения или незапланированного прерывания приема лекарств. Минимально диагностируемое количество при расшифровке ПЦР — 10 клеток-возбудителей. Другие методики тестирования не столь действенны;
4. Патогенные микроорганизмы обнаруживаются даже при отсутствии выраженных симптомов ЗППП. Обнаруженное на раннем этапе такое заболевание лечится не так длительно, как запущенные его формы;
5. Результаты ПЦР больной получает на руки довольно быстро. На диагностику инфекций уходит не более 4-6 часов. Вкупе с расшифровкой весь процесс отнимает не более 1-2 дней;
6. Взятого единожды ДНК-материала хватает для проведения 5-6 проб. Больному не придется сдавать мазки несколько раз;
7. ПЦР и исследование инфекций не стоит на месте, данная сфера постоянно развивается. Изобретаются новые тест-системы повышенной чувствительности, снижается стоимость проведения исследования. Если раньше оно было доступно только жителям мегаполисов, то теперь без него не мыслят определение болезни врачи стационарных поликлиник в регионах.

Особенности метода ПЦР:

1. Точность (ошибки минимальны и частота их не превышает 0,01%);
2. Чувствительность (тест «вычисляет» единичные бактерии в крови и мазках);
3. Специфичность (ПЦР выявляет инфекции, часто вовсе не проявляющие себя до тяжелой стадии);
4. Уникальность (анализы результативны в ситуациях, когда другие исследования ничего не обнаруживают).

Результаты анализа ПЦР

Как работает метод цепная реакция, как подготовиться к анализу?

Цепная реакция в лабораторных условиях предполагает многократное размножение разных участков ДНК и РНК с целью нахождения того самого нарушенного звена.

Амплифицируются (удваиваются) кислоты при помощи ферментных препаратов.

Используя ферменты, лаборант получает достаточное число копий патогенного участка ДНК для сравнения ПЦР его с образцами тех или иных болезней, спровоцированных инфекцией.

Как правило, используются биологические материалы, взятые путем забора или мазка. Для идентификации (расшифровка венерических инфекций ) на ПЦР берется мазок из влагалища, шейки матки или мочеиспускательного канала. Иногда используется также моча.

Мазок из влагалища и шейки матки на ПЦР — простой анализ, пугаться которого не стоит. За 2-3 дня до его проведения нужно отказаться от половой жизни.

В течение этого же времени запрещается использовать для личной гигиены гели и мыло на щелочной основе. Подмываться можно обычной теплой водой из-под крана.

Последнее подмывание — вечером перед утренним посещением лаборатории или врачебного кабинета.

Лечение молочницы с помощью кремов, мазей, свечей или спреев, если оно проводится, тоже желательно прекратить. Мазок сдается в первые несколько суток после менструации или сразу после нее. Для получения более точных результатов рекомендуется не посещать туалет 2-3 часа перед забором мазка ПЦР.

У мужчин на цепную реакцию берут мазок из уретры. Биологический материал забирают с помощью стерильного зонда или ватного тампона, вводимого в мочеиспускательный канал.

Во время процедуры может появиться небольшой дискомфорт или чувство жжения. Мужчинам тоже придется временно отказаться от секса и средств гигиены. За неделю до анализа прекращается лечение антибиотиками и другими препаратами.

Если дискомфорт после забора сохраняется, рекомендуется скорее обратиться в поликлинику.

Допустим, в исследовании используется кровь или мазок, взятый из половых органов пациента. Генетический материал помещается в прибор-амплификатор для ПЦР, туда же добавляются ферменты.

ДНК нагревается до 90-95°С до разрушения цепочки на несколько звеньев. Этот процесс называется денатурацией.

Во время работы реактора из одного образца ДНК и РНК создаются тысячи пригодных для анализа (расшифровка реакции) результата его копий.

Результаты диагностики ПЦР

Цепная реакция показывает не только наличие инфекции, но и точное количество имеющихся возбудителей. Разработка последних лет — искусственное введение мутационных генов в ДНК человека с целью выявления предрасположенности к изменению генотипа.

Что выявляет диагностика инфекций ПЦР?

Расшифровка результатов анализа обычно просматривается отдельно лечащим врачом. Возможности цепной реакции позволяют подтвердить или опровергнуть наличие следующих болезней:

1. Туберкулез.
2. Хеликобактерная инфекция, часто становящаяся причиной болей в желудке без видимых на то причин.
3. Кандидоз ротовой полости, влагалища, дыхательных путей и мочеиспускательного канала.
4. Листериоз (гибель защитных клеток иммунной системы и разрушение нервной системы).
5. Клещевой боррелиоз (вызывается патогенными бактериями, также именуется болезнью Лайма). Выяснить наличие болезни Лайма можно только благодаря ПЦР.
6. Клещевой энцефалит (вирусное поражение центральной нервной системы).
7. Папилломавирусная инфекция — распространенный вид урологической инфекции, легко передается посредством незащищенного полового акта. Выражается чаще всего в виде остроконечных кондилом или бородавок на половых органах. Опасен тем, что может поражать пищевод, прямую кишку и другие органы. Расшифровка результатов ПЦР дает возможность выявить вирус на зачаточной стадии, не сопровождающейся никакими внешними симптомами.
8. Уреаплазмоз — болезнь, провоцируемая микроорганизмами Ureaplasma urealyticum. На протяжении многих лет она способна жить в человеческом теле, никоим образом себя не проявляя. Дает о себе знать при нарушении привычной микрофлоры.
9. Гарднереллез. В норме бактерии-гарднереллы живут в женском организме, не являясь причиной проблем со здоровьем. Прием антибиотиков, частая смена половых партнеров, стрессы нарушают баланс влагалища. Появляется дисбактериоз, именуемый гарднереллезом.
10. Хламидиоз — безусловный чемпион среди ЗППП. Вызывается вирусными бактериями-хламидиями. Ежегодно им заражается около 100 млн человек.
11. Микоплазмоз. Острое заболевание, передающееся исключительно при сексе двух разнополых партнеров. Чаще до ПЦР-исследования скрывается под видом сальпингита или эндометрита.
12. Трихомониаз — соперник хламидиоза по «популярности». Поддается лечению, при отказе от него инфекция приводит к бесплодию, патологиям при беременности, простатиту и циститу.
13. Герпетические заболевания. Навряд ли больной ей человек вспоминает о том, что это за коварный враг, когда страдает от ангины или конъюнктивита. Разные типы герпеса поражают горло, половые органы, слизистые оболочки глаза и кожные покровы. Он маскируется под гнойную ангину, чесотку, то под обильное слезотечение, пока не будет проведено исследование.
14. Цитомегаловирус. Бактерии, однажды оказавшись в организме, никогда не исчезнут. Они проникают в кровь больных СПИДом, перенесших операцию по трансплантации того или иного органа, принимающих препараты для подавления иммунитета. Симптомы: длительная лихорадка с высокой температурой, кожная сыпь, боли в мышцах. Все они являются показанием к проведению ПЦР.
15. Инфекционный мононуклеоз — вирусная болезнь Филатова, проявляющаяся в высыпаниях, желчности склер и кожных покровов, белом налете на языке.
16. Вирусные гепатиты А, В, С, G. Гепатиты легко переносятся и трудно диагностируются, если не применять методику данного анализа. Расшифровка ПЦР результатов помогает выявить проблему наружу, при этом зараженному может казаться, что у него обычный грипп, головные боли, тошнота, проблемы с печенью или селезенкой;
17. ВИЧ-инфекция — тяжелое неизлечимое нарушение иммунитета, которое до открытия метода ПЦР невероятно трудно распознавалось. «Чума XX века» стремительно прогрессирует, если ее вовремя не выявить и не начать терапию поддерживающими препаратами.

Как ясно из этого списка, ПЦР диагностика дарит врачам многих узконаправленных специальностей неограниченные возможности. Применять метод можно в пульмонологии, вирусологии, инфекциологии, онкологии, гастроэнтерологии, гематологии, гинекологии и урологии.

ПЦР расшифровка: результаты

Анализы цепной реакции оцениваются только врачами индивидуально для каждого пациента с учетом имеющихся патологий и хронических болезней.

Результаты анализов ПЦР указывают, как уже сказано выше, на количественные характеристики патогенных бактерий. Сверяясь с ними, врач установит степень тяжести и стадию заболевания.

Исходя из этих показателей, в дальнейшем назначается дозировка препаратов и длительность курса приема.

Если значения минимальные, это может свидетельствовать о простом носительстве болезни, а не только об активном развитии заболевания. Простой переносчик инфекции, обнаруженный только при ПЦР, но не выказывающий никаких других симптомов, должен постоянно наблюдаться у врача.

Важно не поддаваться панике и помнить о том, что большая часть известных науке вирусов поддается лечению антибактериальными препаратами. Подбирать их и заменять один другим при неэффективности может только квалифицированный специалист, имеющий опыт в лечении той или иной болезни.

Расшифровка ПЦР может быть проведена не только по требованию врача, но и по собственному волеизъявлению. Часто его делают женщины, планирующие в ближайшее время беременность, чтобы убедиться в отсутствии венерических заболеваний. При постановке на учет в районной консультации у беременной все равно возникнет необходимость в прохождении этого типа диагностики.

Назначают ПЦР в обязательном порядке женщинам, имевшим несколько абортов или выкидышей по разным причинам. Перед ЭКО проводят анализ для устранения всех причин возможного отторжения плодного яйца.

Мужчины склонны проводить ПЦР после отпуска, во время которого имел место курортный роман или даже несколько. Диагностика помогает им не ставить под угрозу свою жизнь и здоровье потенциальных сексуальных партнерш.

Часто ПЦР становится единственным шансом для пациента избавиться от болезни на начальном этапе, когда ничтожен риск осложнений и тяжелого течения.

Источник: http://101analiz.ru/diagnostika-zabolevanij/pcr-diagnostika-infekcij.html

результаты ПЦР исследований | ВМТ

Более информативной и точной модификацией «классической» ПЦР является ПЦР в реальном времени. Этот метод является количественным (или полуколичественным) – в процессе ПЦР происходит постоянное наблюдение образца датчиком, регистрирующим флуоресцентные сигналы на каждом цикле реакции. Полученные в результате амплификационные кривые используются в дальнейшем анализе – по ним можно оценить, например, интенсивность экспрессии определенных генов (и, в следствии, проявление фенотипических признаков или наследственных заболеваний), вирусную нагрузку на организм больного животного (что позволяет выявить заболевание на ранних стадиях), оперативно (в отличие от бактериальных посевов) и точно (в отличие от ИФА) диагностировать бактериальные и протозойные заболевания.

Рассмотрим основные моменты, которые необходимо учитывать при интерпретации результатов ПЦР в реальном времени на примере исследования экспрессии генов.

Подготовка материала – выделение РНК

Принцип выделения для всех нуклеиновых кислот один и тот же – лизис биоматериала, осаждение нуклеиновых кислот на субстрат, очистка от белков, жиров, углеводов, солей и клеточного дебриса, и элюция нуклеиновых кислот в раствор.

РНК является намного более лабильной молекулой, чем ДНК. Процесс деградации рибонуклеиновых кислот происходит на порядок быстрее.

Этому способствует, во первых, их одноцепочечная структура, во вторых – большое количество РНКаз (ферментов, расщепляющих РНК), которые присутствуют как и в самих клетках, из которых производят выделение, так и на поверхности кожи оператора (и всех предметов и оборудования, с которыми он контактировал). Тем более, во многих протоколах выделения ДНК применяется дополнительная обработка образца РНКазами – появляется еще один источник контаминации рабочего места.

Рассмотрев эти особенности, можно выделить ряд обязательных для соблюдения правил подготовки образцов РНК:

• Для уменьшения деградации от эндогенных РНКаз забор биоматериала должен быть проведен непосредственно перед выделением, биоматериал должен быть заморожен в жидком азоте. (Дляразных наборов реактивов условия могут быть разными. Более подробные рекомендации описаны в протоколах выделения.)
• Работать исключительно в перчатках и масках. Перчатки, посуду, оборудование и все рабочие поверхности следует обработать деактиватором РНКаз (чаще всего раствором ДЕПК).
• Использовать воду, свободную от РНКаз (RNAse free).
• Не допускать хранения образцов РНК и реактивов для их выделения рядом с растворами РНКаз.

Результаты ПЦР в реальном времени

Что можно измерить с помощью ПЦР в реальном времени?

Если вам необходимо проанализировать экспрессию генов, ПЦР в реальном времени может показать количество мРНК в образцах. В результате реакции амплифицируется небольшой регион мРНК, с помощью олигонуклеотидов и флуоресцентного зонда (как в методике TaqMan).

Амплификатор (прибор, в котором происходит ПЦР) измеряет интенсивность флуоресценции зондов в образцах на протяжении каждого цикла. На первых циклах уровень флуоресценции недостаточен, чтобы его мог детектировать прибор, но при дальнейшем прохождении реакции он возрастает многократно.

Кривая амплификации имеет так называемую экспоненциальную фазу, после которой следует фаза плато.

Ct (пороговый цикл) обозначает определенный цикл реакции и представляет собой одно из ключевых значений ПЦР в реальном времени. Пороговый цикл наступает, когда график кривой амплификации переходит в экспоненциальную фазу (на этой фазе отрезок кривой амплификации линейный).

Порог (порог чувствительности, пороговое значение), который обозначен на рисунке красной прямой, пересекает кривую амплификации в точке наступления экспоненциальной фазы.

Порог чуствительности может быть разным для разных видов анализа (если, например, используются разные методики анализа или исследуются разные гены), но всегда одинаковый для всех образцов в одной выборке (или в одном эксперименте).

Суть ПЦР в реальном времени заключается в том, что в каждом цикле реакции количество продукта удваиватся по сравнению с предыдущим. Если, например, значение Ct для двух реакций отличается на 2 цикла (см. рисунок), можно сделать вывод, что в образце А (обозначен фиолетовым графиком) в 4 раза больше копий мРНК, чем в образце Б (обозначен оранжевым графиком).

Чаще всего, данные, полученные в результате ПЦР в реальном времени, позволяют оценить так называемую «относительную экспрессию», то есть, насколько различается интенсивность экспрессии определенного гена у двух организмов. Однако, методика позволяет оценить и абсолютное значение экспрессии генов, но для этого необходимо создать стандарт, в роли которого обычно выступают клонированные целевые участки кДНК, интегрированные в вектор.

Словарь терминов:

Внутренний контроль (внутренний контрольный образец, ВКО).Контрольный ген, который присутствует во всех образцах в выборке.Например, GAPDH, ACTB, TBP, HPRT, PPIA, YWHAZ.

Калибровочный образец.Калибровочным называют образец, по которому ведется сравнение полученных данных. Он представляет собой точку отсчета (time-zero). Значение RQ для контрольного образца равно 1, так как в таком случае он сравнивается с самим собой.

Ct =" Пороговый цикл. Обычно ПЦР в реальном времени проходит в течение "40 циклов. Пороговый цикл наступает тогда, когда кривая амплификации пересекает линию порога чувствительности прибора (в месте, где график кривой амплификации становится линейным). Это значение необходимо для анализа.

Чем выше значение порогового цикла (Ct="30-35), тем меньше мРНК находится в образце, так как нужно больше времени для амплификации необходимого для интенсивной флуоресценции количества копий мРНК. Если значение Ct невелико (10-15), это свидетельствует о том, что ген экспрессируется очень активно.

Обычно внутренний контрольный образец имеет меньшее значение Ct, чем исследуемые гены.

Дельта Ct = Ct исследуемого гена – Ct внутреннего контрольного образца

Дельта Дельта Ct = ΔCt образца 1 – ΔCt калибровочного образца

Дельта Ct SD = Стандартное отклонение. Стандартное отклонение рассчитывается программным обеспечением по обработке данных анализа на основании значений Ct в трехкратном повторении. Данные достоверны, если Стд. откл. меньше 0,25. Если Стд. откл. Более 0,25, значению RQ доверять нельзя.

Реплики. Повторения (так называемые реплики) можно разделить на технические и биологические. Технической репликой является амплификация одного и того же материала, биологические реплики предполагают выделение мРНК и амплификацию из разного биологического материала.

RQ = Относительное количество = 2 – ΔΔCt. Значение RQ показывает количество продукта амплификации в технических репликах относительно калибровочного образца. Все образцы в рамках эксперимента будут сравниваться с калибровочным.

Например, если RQ=10, это значит, что в исследуемом образце экспрессия проходит в 10 раз более активно, чем в калибровочном. Значение RQ=0,1 говорит о том, что в исследуемом образце экспрессия проходит в 10 раз менее активно, чем в калибровочном.

Достоверными могут считаться данные, если RQ больше 2 или меньше 0,5. Это зависит от особенностей методики. Не исключено, что для одного и того же образца в один день можно получить значение RQ=0,8, а на следующий – 1,2.

Если в ваших образцах предполагается малый разброс RQ (отличие в 1,5 раза от каибровочного образца), для анализа следует сделать биологические реплики образцов и они должны быть очень хорошо очищены.

Кроме того, для каждого гена необходимо провести по 2 анализа и использовать ПКО с известным RQ.

RQmin и RQmax = диапазон возможных значений RQ с учетом стандартного отклонения ΔCt. Доверительный интервал должен быть 95%.Если вам необходимо узнать действительную ошибку RQ, следует делать трехкратные биологические реплики. Это позволит выполнить тест Стьюдента для различных групп повторений.

При анализе полученных данных удостоверьтесь, что кривые амплификации не имеют резких пиков и параллельны друг другу. Технические реплики должны быть просканированы в пределах 0,5 цикла. Значения Ct должны быть

Источник: https://vmtechnology.ru/interpretation-pcr-results/

ПЦР-анализ – диагностика инфекций: показатели и расшифровка результатов

Данная методика славится своей точностью и универсальностью. Посредством ПЦР-обследования можно выявить одновременно несколько видов вредоносных микроорганизмов в одном образце. Для подобных мероприятий биоматериал может быть использован разнообразный: слюна, моча, кровь, плевральная жидкость и т.д.

С другой стороны, для осуществления данной диагностики необходимо современное оборудование и подготовленные должным образом кадры. При выборе медицинского учреждения лучше ориентироваться на крупные заведения, которые могут позволить себе приобрести новейшие приборы. Это прямым образом отобразится на скорости расшифровки анализа и на его точности.

Что представляет собой анализ методом ПЦР?

Вся совокупность генетической информации, которой располагает любой живой организм, содержится в ДНК. Указанную нуклеиновую кислоту составляют четыре соединения. Идентифицировать живое создание совсем несложно: у каждого из них, независимо от параметров (будь то бактерия, животное, рыба), имеется своя уникальная ДНК.

Некоторые же микроорганизмы хранят генетические сведения о себе в РНК.

Фрагменты обоих нуклеиновых кислот (РНК и ДНК) можно выявить посредством полимеразной цепной реакции, которую также именуют ПЦР.

В основе рассматриваемого тестирования – использование специальных ферментов, благодаря которым осуществляется копирование некоторых участков ДНК/РНК вирусных, микробных, иных инфекций.

Источником указанных возбудителей может служить практически любой биологический материал, взятый у человека: слюна кровь, моча, выделения из уретры или влагалища и т.д.

Так как в образцах крови и других биологических материалах содержание нуклеиновых кислот весьма низко, при помощи иных методов исследования выявить конкретное заболевания невозможно. В ходе ПЦР можно достичь увеличения уровня ДНК молекул, что обеспечивает достоверную постановку диагноза в будущем.

Для проведения анализа лаборанты применяют специальное оборудование – амплификатор. Данный прибор нагревает и охлаждает пробирки, в которые помещен биоматериал. Адекватный температурный режим прямо влияет на точность полученных результатов.

• 
• В итоге ПЦР лаборанты получают электрофореграмму, на которой зафиксированы фрагменты выделенных нуклеиновых кислот.
• Указанное изображение сверяют с базой данных на компьютере — и таким образом определяют тип возбудителя, его концентрацию в организме.
• Как выполняется и что может показать общий анализ крови — расшифровка результатов и нормы

Какие можно определить заболевания?

Посредством рассматриваемого анализа можно выявить следующие патологии:

1.Вирусные агенты, среди которых возбудители:

• ВИЧ.
• Гепатита А, В, С, D, G.
• Инфекционного мононуклеоза.
• Клещевого энцефалита.
• Герпеса I и II типа.
• Цитомегалии.
• Папилломавирусной инфекции.

2. Некоторые виды бактериальных инфекций:

• Туберкулез.
• Хеликобактер пилори.
• Гарднереллез
• Листериоз.
• Кампилобактериоз.
• Сифилис.
• Гонорея.

3. Внутриклеточные паразиты:

• Хламидии.
• Уреаплазмы.
• Микоплазмы.

4. Инфекции, спровоцированные грибками:

На сегодняшний день к указанному тестированию весьма часто прибегают криминалисты, когда нужно установить, кому принадлежит биологический материал, взятый с места преступления.

При помощи полимеразной цепной реакции можно также установить отцовство.

Правила сбора материала для исследования

Чтобы получить максимальной точный результат, забор биообразцов для ПЦР производят следующим образом:

1. Инструментарий, контейнеры для изъятого материала должны быть продезинфицированы. А лучше использовать одноразовые приспособления.
2. Собранные образцы крови нужно помещать в пробирки, которые содержат антикоагулянты. А в процессе забора обращаются к специальным вакуумным системам.
3. Забор любого биоматериала нужно осуществлять в манипуляционном кабинете.

Для диагностики могут использовать различный материал: все будет зависеть от разновидности инфекции:

• Мaзки/сoскобы из шейки матки/уретры, утренняя мoча: при тестировании на патологии, которые передаются половым путем.
• Крoвь: при тестировaнии на TORCH-инфекции, ВИЧ, гепатит.
• Спиннoмозговая жидкoсть: при подозрении на дефекты в работе центральной нервной системе.
• Мазoк из горла/зева: при проверке на цитомегаловирус, мононуклеоз.
• Мoкрота/плевральная жидкость: при инфицировании легких.
• Образцы ткани плаценты: для исключения либо подтверждения внутриутробной инфекции.

Подготовка к сдаче

Пациенту перед сдачей биологических материалов необходимо должным образом подготовиться:

1. Если указанный материал извлекают из уретры, запрещены половые акты и использование антибактериальных средств для интимной гигиены за 3 дня до сдачи анализа. За 3 часа до тестирования нужно воздержаться от мочеиспускания.
2. Кровь для исследований берут ранним утром на голодный желудок.
3. Для тестирования мочи используют первую ее порцию после сна. Для данного анализа пациенту следует предварительно приобрести специальный контейнер в аптеке.

   Взятый биоматериал желательно доставить в диагностическую лабораторию через два часа.

4. Мазок из влагалища лучше брать за пару дней до менструации, либо через 1-2 дня после ее завершения.
5. Образец слюны нужно изымать только после тщательного полоскания (3 раза) ротовой полости физиологическим раствором.

1. Если есть возможность, взятый биообразец нужно сразу же отнести в лабораторию.
2. При невозможности срочной доставки, материал можно хранить короткое время в прохладном месте (+4…+8 С).
3. При необходимости длительного хранения некоторые виды биоматериалов можно замораживать, но — только единожды.
4. К контейнеру следует обязательно приложить направление доктора на ПЦР.
5. Общий анализ мочи — расшифровка результатов и физические свойства мочи
6. 

Сроки проведения ПЦР-диагностики

Продолжительность подготовки результатов рассматриваемого вида тестирования будет определяться возможностями лаборатории, в которой его будут проводить.

Чаще всегона расшифровку уходит1-2 дня. Однако, вэкстренных ситуациях ПЦР может быть выполнен в течение нескольких часов.

Показатели и расшифровка результатов ПЦР

В ходе применения качественной методики ПЦР-обследования, можно получить два варианта ответа:

• Положительный.
• Указывает на то, что в организме пациента присутствует чужеродные ДНК/РНК, а значит произошло заражение. Если у пациента нету каких-либо жалоб, в целом он чувствует себя хорошо, а результаты ПЦР-диагностики положительные, это свидетельствует о начальной стадии заболевания. При подобных ситуациях лечение не отнимет много времени и денег. В крайне редких случаях результат может быть ложноположительным: при нарушении правил антисептики в ходе забора биоматериала.
• Отрицательный. Означает отсутствие искомых вирусных агентов во взятом образце. Ложноотрицательный результат может стать следствием человеческого фактора (в первую очередь – нарушение правил хранения биообразца, неправильный его сбор).

Количественная оценка исследуемого биоматериала дает возможность делать выводы о том, какой уровень нагрузки оказывают вирусы/бактерии на организм.

В ходе расшифровки определяют число чужеродныхРНК или ДНК, которые концентрируются в 1 мл. крови (МЕ/мл).

Благодаря подобной методике, доктор имеет возможность распознать стадию и форму болезни, назначить адекватное лечение, определиться с его продолжительностью.

Повторный анализ зачастую назначают через 1 месяц после лечебных мероприятий.

Точность ПЦР-диагностики

Главными преимуществами рассматриваемого тестирования являются его надежность и достоверность.

Расшифровка ПЦР-диагностики дает возможность:

• Наиболее точно определить наличие/отсутствие инфекции в организме.
• Диагностировать разновидность вирусного агента.
• Отыскать бактерии даже при минимальном количестве вражеских ДНК во взятом биоматериале.

Процент неверного диагностирования минимален.

Причины ложноположительных и ложноотрицательных результатов описаны выше.

Оцените — Загрузка…

Источник: https://www.operabelno.ru/pcr-analiz-diagnostika-infekcij-pokazateli-i-rasshifrovka-rezultatov/